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私はcziファイル用のimagejプラグインを構築しようとしています。プラグインをデバッグするために、私はimagejを開いてイメージを開く 'main'関数を持っています。 czi画像を開くには、loci bioformatプラグインを使用する必要があります。私は、デバッガ（VSCode）を実行しようとするとSLF4Jのバージョン_ loci.plugins（bioformats）を使用した不一致エラー
public static void main(String[] args) {
// set the plugins.dir property to make the plugin appear in the Plugins menu
Class<?> clazz = Confocal_Montage.class;
String url = clazz.getResource("/" + clazz.getName().replace('.', '/') + ".class").toString();
String pluginsDir = url.substring("file:".length(), url.length() - clazz.getName().length() - ".class".length());
System.out.println(pluginsDir);
System.setProperty("plugins.dir", pluginsDir);
// start ImageJ
new ImageJ();
// open the sample czi file
try {
ImagePlus[] imps = BF.openImagePlus(System.getProperty("user.dir")+"\\0min_sonicate1.czi");
for (ImagePlus imp :imps) imp.show();
}
catch(IOException exc){
IJ.error("sorry an error occurred: " + exc.getMessage());
}
catch(FormatException exc){
IJ.error("Sorry an error occured: " + exc.getMessage());
}
// run the plugin
IJ.runPlugIn(clazz.getName(), "");
}
は、しかし、それは私がMaven + SLF4J: Version conflict when using two different dependencies that require two different SLF4J versions IEのソリューションを試してみました
SLF4J: The requested version 1.5.10 by your slf4j binding is not compatible with [1.6, 1.7]
SLF4J: See http://www.slf4j.org/codes.html#version_mismatch for further details.
Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: org.slf4j.helpers.MessageFormatter.format(Ljava/lang/String;Ljava/lang/Object;Ljava/lang/Object;)Ljava/lang/String;
at org.slf4j.impl.Log4jLoggerAdapter.debug(Log4jLoggerAdapter.java:246)
at ome.scifio.common.IniParser.parseINI(IniParser.java:144)
at ome.scifio.common.IniParser.parseINI(IniParser.java:101)
at loci.common.IniParser.parseINI(IniParser.java:97)
at loci.plugins.prefs.OptionsList.<init>(OptionsList.java:66)
at loci.plugins.in.ImporterOptions.<init>(ImporterOptions.java:158)
at loci.plugins.BF.openImagePlus(BF.java:78)
at com.mycompany.imagej.Confocal_Montage.main(Confocal_Montage.java:77)
このエラーが発生しました。 slf4jバージョン1.7.5の依存関係を私のpomに追加しましたが、私はこのエラーを受け取ります。
log4j:WARN No appenders could be found for logger (ome.scifio.common.IniParser).
log4j:WARN Please initialize the log4j system properly.
Exception in thread "main" java.lang.NumberFormatException: null
at java.base/java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:614)
at java.base/java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:770)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateExperiment(ZeissCZIReader.java:1870)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateMetadata(ZeissCZIReader.java:965)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:540)
at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1333)
at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:482)
at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:146)
at loci.plugins.BF.openImagePlus(BF.java:95)
at loci.plugins.BF.openImagePlus(BF.java:80)
at com.mycompany.imagej.Confocal_Montage.main(Confocal_Montage.java:77)
私のMavenの依存関係ツリーは、この
[INFO] --- maven-dependency-plugin:3.0.0:tree (default-cli) @ File_To_Montage ---
[INFO] com.mikedavies:File_To_Montage:jar:0.1.0-SNAPSHOT
[INFO] +- net.imagej:ij:jar:1.51h:compile
[INFO] +- loci:loci_plugins:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | +- loci:bio-formats:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- loci:mdbtools-java:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- loci:metakit:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- loci:poi-loci:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | | \- commons-logging:commons-logging:jar:1.1.1:compile
[INFO] | | +- loci:turbojpeg:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | \- edu.ucar:netcdf:jar:4.0.03:compile
[INFO] | +- loci:loci-legacy:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- loci:scifio-devel:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- xalan:serializer:jar:2.7.1:runtime
[INFO] | | | \- xml-apis:xml-apis:jar:1.3.04:runtime
[INFO] | | \- xalan:xalan:jar:2.7.1:runtime
[INFO] | +- loci:ome-xml:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | +- loci:scifio:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- loci:jai_imageio:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- loci:lwf-stubs:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | +- loci:specification:jar:5.0.0-beta1:compile
[INFO] | | | +- junit:junit:jar:4.12:test
[INFO] | | | | \- org.hamcrest:hamcrest-core:jar:1.3:test
[INFO] | | | \- org.testng:testng:jar:6.8:compile
[INFO] | | | +- org.beanshell:bsh:jar:2.0b4:compile
[INFO] | | | +- com.beust:jcommander:jar:1.27:compile
[INFO] | | | \- org.yaml:snakeyaml:jar:1.6:compile
[INFO] | | +- org.scijava:native-lib-loader:jar:2.1.4:compile
[INFO] | | +- com.esotericsoftware.kryo:kryo:jar:shaded:2.21:compile
[INFO] | | \- org.perf4j:perf4j:jar:0.9.13:compile
[INFO] | +- com.jgoodies:forms:jar:1.2.1:compile
[INFO] | \- log4j:log4j:jar:1.2.14:compile
[INFO] \- org.slf4j:slf4j-log4j12:jar:1.5.10:test
[INFO] \- org.slf4j:slf4j-api:jar:1.7.21:compile
のように見え、その、私のpom.xmlこの
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0
http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
<modelVersion>4.0.0</modelVersion>
<parent>
<groupId>org.scijava</groupId>
<artifactId>pom-scijava</artifactId>
<version>14.0.0</version>
</parent>
<groupId>com.mycompany</groupId>
<artifactId>File_To_Montage</artifactId>
<version>0.1.0-SNAPSHOT</version>
<url>mycompany.com</url>
<repositories>
<repository>
<id>imagej.public</id>
<url>http://maven.imagej.net/content/groups/public</url>
</repository>
</repositories>
<dependencies>
<dependency>
<groupId>net.imagej</groupId>
<artifactId>ij</artifactId>
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<dependency>
<groupId>loci</groupId>
<artifactId>loci_plugins</artifactId>
<version>5.0.0-beta1</version>
</dependency>
<dependency>
<groupId>org.slf4j</groupId>
<artifactId>slf4j-log4j12</artifactId>
<version>1.7.5</version>
</dependency>
</dependencies>
のように、これは素晴らしいことだ解決する方法上の任意のアイデアを探します開始します壁の上で私を運転してください
Bio-Formatsフォーラム（https://www.openmicroscopy.org/community/viewforum.php?f=13）にお尋ねすることをお勧めします。 – Kenny
よろしくお願いいたします。 –