は

Question

は私が生成するCytoscape JSによって消費することができ、私はこれをJSONに変換する必要があり、この

NodeA "phosphorylation" NodeB 
NodeA "binding"  NodeC 
NodeB "phosphorylation" NodeC 
NodeD "binding"  NodeC 

のような.sifファイルを持っているCytoscape JSで使用されるようにJSONにノードとその関係を使用してグラフを作成します。

私はそれはあなたがSIF.jsを試してみました

[ 
    {"data":{"id":"n40","weight":53},"position":  
    {"x":50,"y":45},"group":"nodes","removed":false,"selected":false, 
    "selectable":true,"locked":false,"grabbable":true,"classes":""}, 

    {"data":{"id":"n41","weight":23},"position":  
    {"x":150,"y":45},"group":"nodes","removed":false, 
    "selected":false,"selectable":true,"locked":false, 
    "grabbable":true,"classes":""}, 

    .......................... 

    {"data":{"id":"e129","weight":31,"source":"n65","target":"n58"}, 
    "position":{},"group":"edges","removed":false,"selected":false, 
    "selectable":true,"locked":false,"grabbable":true,"classes":""}, 

    {"data":{"id":"e131","weight":90,"source":"n53","target":"n43"}, 
    "position:{},"group":"edges","removed":false,"selected":false, 
    "selectable":true,"locked":false,"grabbable":true,"classes":""}, 
] 

Answer 1

ようにする必要があります形式？ npmで見つけました：https://www.npmjs.com/package/sif.js

これはCytoscapeと全く同じJSON形式ではありませんが、それを使用して.map()のエントリをちょうど少し一致させることができます。またはthe repoのコードを使用して、Cytoscape formatを直接出力する独自の解析機能を構築することもできます。

Cytoscape desktop softwareを使用してSIFをJSONに変換することもできますが、JSアプリケーションの一部として自動化することはできません。