2016-10-29 3 views
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以下のコードは、2つの行列を入力として使用してp-valueを返すt-test(un-paired)を実行しますが、p.adjusted値を生成するために必要な正確なコードを私に表示できます。FDR修正/調整p.values(p.adjust)p.adjustの使い方

m1 <-go_samp_matrix_data[grep(paste(input$mychooser2$left, collapse='|'), rownames(go_samp_matrix_data), ignore.case=TRUE),] 
m2 <-go_samp_matrix_data[grep(paste(input$mychooser2$right, collapse='|'), rownames(go_samp_matrix_data), ignore.case=TRUE),] 

ttestmat1<-sapply(seq(ncol(m1)), function(x) f(m1[,x], m2[,x])) 

f <- function(x,y){ 
    test <- t.test(x,y, paired=FALSE) 
    out <- data.frame(pval = sprintf("%.3f", test$p.value)) 
    return(out) 
} 
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その良いあなたには、いくつかのコードを追加したが、それはそれで何が起こっているか少しは不明である:あなたはあなたの関数やttestmatを使用していけない(私たちはまた、M1を持っていけない、あなたは、単にそのようなp.adjust()にすることを含んでまたはm2)。あなたの質問が、おそらくあなたの質問に2つのランダムなベクトルを追加し、調整されたp値を計算しようとしていることを示す方がよいでしょう。そうすれば、助けを得るのがより簡単になります。 – user20650

答えて

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あなたはp値のベクトルを必要とする、p.vectを言います。

p.adjust(p.vect, "fdr") 
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ノアさんありがとうございました。あなたのご意見は、私が探していた答えを得るのを助けました。 – Dave