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ManagedExecutorServiceを使用して、アプリケーションのランナブルを管理しています。新しいコードをデプロイすると、アプリケーションは再構築されますが、ManagedExecutorServiceにリストされているRunnablesはキャンセルされません。アプリケーションは再構築されているので、Runnablesは停止していませんか?ランナブルを構成する基底のJavaコードは、デプロイメントによって変更されることがあります。Glassfish 4.1.0 Eclipse Neon 3を使用したアプリケーションのデプロイメントとManagedExecutorService