expand.gridの代わりにouterを使用

Question

expand.gridはできるだけ速く探しています。私はベクトルを作成するために過去に同様の目的のためにouterを使用しました。このような何か：

v <- outer(letters, LETTERS, paste0) 
unlist(v[lower.tri(v)]) 

ベンチマークはouterがexpand.gridより大幅に高速になりますことを私に示しているが、私はちょうどexpand.gridのように2つの列を作成したい、この時間（2つのベクトルのすべての可能なコンボ）が、outerと私の方法はありません今回はアウターとのベンチマークが速かった。

私は2つのベクトルを取り、できるだけ速く（私はouterルートかもしれないと思うが、任意の基本メソッドに大きく開いています二つの列など、すべての可能なコンボを作成するために願っています。

ここexpand.grid方法だとouter方法

dat <- cbind(mtcars, mtcars, mtcars) 

expand.grid(seq_len(nrow(dat)), seq_len(ncol(dat))) 

FOO <- function(x, y) paste(x, y, sep=":") 
x <- outer(seq_len(nrow(dat)), seq_len(ncol(dat)), FOO) 
apply(do.call("rbind", strsplit(x, ":")), 2, as.integer) 

microbenchmarkingがouterが遅い示しています。

#  expr  min  lq median  uq  max 
# EXPAND.G 812.743 838.6375 894.6245 927.7505 27029.54 
# OUTER 5107.871 5198.3835 5329.4860 5605.2215 27559.08 

outer私はouterを使って、長さ2のベクトルを直接作成する方法がわからないので、私はdo.call('rbind'を一緒に使うことができると思っています。私はpasteと遅い分割を遅らせる必要があります。私はouter（またはbaseの他の方法）を使って、expand gridよりも速い方法でこれをどうやって行うことができますか？

編集： マイクロベンチマーク結果の追加。

**

Unit: microseconds 
     expr  min  lq median  uq  max 
1 ERNEST 34.993 39.1920 52.255 57.854 29170.705 
2  JOHN 13.997 16.3300 19.130 23.329 266.872 
3 ORIGINAL 352.720 372.7815 392.377 418.738 36519.952 
4 TOMMY 16.330 19.5960 23.795 27.061 6217.374 
5 VINCENT 377.447 400.3090 418.505 451.864 43567.334 

**

Answer 1

：

expand.grid.alt <- function(seq1,seq2) { 
    cbind(rep.int(seq1, length(seq2)), 
     c(t(matrix(rep.int(seq2, length(seq1)), nrow=length(seq2))))) 
} 

expand.grid.alt(seq_len(nrow(dat)), seq_len(ncol(dat))) 

私のコンピュータでは、より高速なexpand.gridよりも6倍のようなものです。

Answer 2

あなたは別に2つの列を作成することができます。 rep.intを使用して

library(microbenchmark) 
n <- nrow(dat) 
m <- ncol(dat) 
f1 <- function() expand.grid(1:n, 1:m) 
f2 <- function() 
    data.frame( 
    Var1 = as.vector(outer(1:n, rep(1,m))), 
    Var2 = as.vector(outer(rep(1,n), 1:m)) 
) 
microbenchmark(f1, f2, times=1e6) 
# Unit: nanoseconds 
# expr min lq median uq max 
# 1 f1 70 489 490 559 168458 
# 2 f2 70 489 490 559 168597 

Answer 3

@ErnestAには、非常に優れた解決策があります。

...それはしかしわずかに速くなることができます

expand.grid.alt2 <- function(seq1,seq2) { 
    cbind(Var1=rep.int(seq1, length(seq2)), Var2=rep(seq2, each=length(seq1))) 
} 

s1=seq_len(2000); s2=seq_len(2000) 
system.time(for(i in 1:10) expand.grid.alt2(s1, s2)) # 1.58 
system.time(for(i in 1:10) expand.grid.alt(s1, s2)) # 1.75 
system.time(for(i in 1:10) expand.grid(s1, s2))  # 2.46 

Answer 4

rep.intのドキュメントはかなり完全なものではありません。 repの場合のように、times引数のベクトルを渡すことができるので、最も一般的なケースでは単なる最速ではありません。両方のシーケンスで簡単に使用することで、Tommyの40％程度の時間を短縮できます。

expand.grid.jc <- function(seq1,seq2) { 
    cbind(Var1 = rep.int(seq1, length(seq2)), 
    Var2 = rep.int(seq2, rep.int(length(seq1),length(seq2)))) 
}