辞書を使用してコドンを照合する

Question

私は3つの引数を取る関数codon_pairs(pairs, codonsA, codonsB)を作ろうとしています。 pairsと2つのリストcodonsAとcodonsBがあります。辞書は塩基対を含み、コドンリストはコドン配列を含む。私はcodonsAで各コドン配列のためにcodonsB相補コドン配列を見つけ、次のように一致するペアを返すようにしようとしています：

pairs = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'} 
codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT'] 
codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CCC', 'CCG', 'GTA'] 

print(codons_pairs(pairs, condonsA, codonsB)) 

[('AAG', 'TTC'), ('GAT', 'CTA'), ('TTG', 'AAC'), ('CAT', 'GTA'), ('GGC', 'CCG'), ('ATT', 'TAA'), ('TCT', 'AGA')] 

2タプルの最初の項目はcodonsAからコドンと2番目の項目です一致するコドンはcodonsBである。例えば、Aの塩基対はTであり、Gの塩基対はCであり、pairs辞書でハイライト表示されているので、配列AAG（codonsA[0]）およびTCC（codonsB[3]）は、対の対である。

一致するペアが見つからない場合は、最終結果から省略されます。

これは私がこれまで持っているものです。

pairs = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'} 
codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT'] 
codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CCC', 'CCG', 'GTA'] 

def codons_pairs(pairs, codonsA, codonsB): 

    for A in codonsA: 
     for B in codonsB: 
      for i in A: 
       for j in B: 

私はちょうど辞書に関して、codonsAとcodonsBの間でペアをチェックするかどうかはわかりません。どんな助けでも大歓迎です。

Answer 1

速いチェック（O（1）メンバーシップのテスト、ネストされたループの必要はありません）、その後、あなたのpairsマッピングによってAから各コドンをマッピングするためにset()にcodonsBを変換し、セットに対して結果をテスト：

def codons_pair(pairs, codonsA, codonsB): 
    codonsB = set(codonsB) 
    for codon in codonsA: 
     complement = ''.join([pairs[base] for base in codon]) 
     if complement in codonsB: 
      yield (codon, complement) 

を

上記はジェネレータ関数です。それが見つけられるごとに各試合が行われます。生成されたジェネレータをlist()関数を持つリストに変換するか、関数を反復するだけです。

デモ：答え@Martijnピータースのための

>>> pairs = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'} 
>>> codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT'] 
>>> codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CCC', 'CCG', 'GTA'] 
>>> list(codons_pair(pairs, codonsA, codonsB)) 
[('AAG', 'TTC'), ('GAT', 'CTA'), ('TTG', 'AAC'), ('CAT', 'GTA'), ('GGC', 'CCG'), ('ATT', 'TAA'), ('TCT', 'AGA')]