2つのファイルを比較するAWKコマンド、2番目のファイルに見つからない場合は最初のファイルの行、見つかった場合は2番目のファイルの行を報告してください

Question

私は基本的なレベルのUNIX理解を持っています。

私は、ファイル1のすべての行を持つファイルを持つという最終的な目標を持って、2つのファイル（タブで区切られた各ファイルの2つの列）を比較するために "awk"コマンドを使用しようとしましたが、行ファイル2に見られる、Iファイルから同じ行に置換されるファイル1の行を希望2.

File 1: 
Supercontig_12.1,420 0 
Supercontig_12.1,421 0 
Supercontig_12.1,422 0 
Supercontig_12.1,423 0 
…(rows continue in numerical order) 
Supercontig_12.1,428 0 
Supercontig_12.1,429 0 
Supercontig_12.1,430 0 

File 2 (not in numerical order): 
Supercontig_12.1,422 0.6 
Supercontig_12.1,426 0.333333 
Supercontig_12.1,428 0.5 
Supercontig_12.1,429 0 

所望の出力

Output: 
Supercontig_12.1,420 0 
Supercontig_12.1,421 0 
Supercontig_12.1,422 0.6 
Supercontig_12.1,423 0.333333 
… 
Supercontig_12.1,428 0.5 
Supercontig_12.1,429 0 
Supercontig_12.1,430 0 

Iは、以下のコマンドを使用しています、しかし、それは、ファイル1の行の最後にファイル2の行を追加することです。これは "cat"のようなものですそして。

$ awk -F"\t" 'NR==FNR{a[$1]} $1 in a{print $1 "\t" $2}' file1.txt file2.txt > output.txt 

私は、配列私がやりたいものですファイル1のサイズ、作っていますが、私は、ファイルのためにその配列内の2データを選択していないよ知っています。どんな助けも大歓迎です。前もって感謝します。

アンディ

Answer 1

すべての行が同じ長さ（ないSupercontig_12.1,420とSupercontig_12.1,4202）を持っていることができますgrepとcut： あなたは

cut -f1 file2.txt 

このコマンドの出力をファイル2の最初のフィールドを取得することができますプロセス置換<(some_command)を持つファイルであるかのように使用できます。 FILE2と一緒にこれを入れて、あなたのawkと間違っている何

cat file2.txt <(grep -vf <(cut -f1 file2.txt) file1.txt) |sort 

結果を並べ替えるFILE1.TXT

grep -vf <(cut -f1 file2.txt) file1.txt 

からこれらの行を削除するには
？

awk -F"\t" 'NR==FNR{a[$1]} $1 in a{print $1 "\t" $2}' file1.txt file2.txt 

file1.txtの解析時に何も印刷したくない場合。 nextを使用してください。そして、$ 0保存：FILE2.TXTから$ 1はaで発見された場合、値を置き換える

awk -F"\t" 'NR==FNR{a[$1]=$0; next} $1 in a{print $1 "\t" $2}' file1.txt file2.txt 

配列の

すべてが解析され

awk -F"\t" 'NR==FNR{a[$1]=$0; next} $1 in a{a[$1]=$0}' file1.txt file2.txt 

、印刷コンテンツを（まだ印刷されません）。

awk -F"\t" 'NR==FNR{a[$1]=$0; next} $1 in a{a[$1]=$0} END { for (i in a) print a[i] } ' file1.txt file2.txt