2016-03-25 11 views
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クラスタにジョブを送信するために、linuxを使用してヘッドレスでNetlogoを実行しようとしています。以前はLinuxを使ったことがありませんでしたが、私はここの指示に従っています(http://netlogo-users.18673.x6.nabble.com/Running-NetLogo-Headless-in-Behaviorspace-Sample-code-td4862232.html)。NetLogo netlogo-headless.shファイルの場所

#!/bin/bash 
#SBATCH -N 1 
#SBATCH -n 1 
#SBATCH -c 7 
module load netlogo/5.3.1-64 
~/netlogo-5.3.1-64/netlogo-headless.sh \ 
-- model /cluster/home/rfuda01/UM_model.nlogo \ 
--experiment UM 
--table /cluster/home/rfuda01/UM_test.csv 

私は仕事を送信すると、出力ファイルは、というエラーメッセージが含まれています

line 7: /cluster/home/rfuda01/netlogo-5.3.1-64/netlogo-headless.sh: No such file or directory 

は、私は、このファイルは私が指定したフォルダに配置されていないことがわかり、私はしたすべての例クラスタ上でNetLogoを使用するために見たこのスクリプトを参照してください。このファイルの正しいパスはどこにありますか?

答えて

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netlogo-headless.shは不注意のLinuxから削除された5.3.0にインストール:https://github.com/NetLogo/NetLogo/issues/979

今のところ、あなたは5.2.1を使用することができます。

実際には、netlogo-headless.shを5.2.1からダウンロードし、問題なく5.3.1に入れることができますが、これはテストしていません。

編集:古いnetlogo-headless.shは、メインのNetLogoディレクトリのapp/ディレクトリに置くと機能します。おかげでニコラス!

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はい、古い 'netlogo-headless.sh'を使うと動作しますが、メインのNetLogoディレクトリの下の' app/'ディレクトリから実行する必要があります。 –

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ヘッドレススクリプトが見つかりましたが、新しいエラーが発生しました。「スレッド内の例外」main「java.lang.NoClassDefFoundError:org/nlogo/headless/main'ここで新しい質問を作成しました(http:// stackoverflow .com/questions/36266666/java-error-attempt-to-run-netlogo-headlessly-on-a-cluster) – bfuda