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MQQueueManagerでは、名前付きトランザクションの概念はないようです。IBM MQ Java - トランザクション
commit（）/ backout（）メソッドしかありません。
2つの同時トランザクションが必要な場合は、2つのMQQueueManager接続を作成する必要があります。
これは正しくないようです。たとえば、2つの別々のトランザクションに対して2つのJDBC接続を作成することはできません。
私は何かを見逃しましたか？
JavaアプリケーションをWebSphere Application Serverで実行していますか、またはスタンドアロンアプリケーションですか。 – Haxiel