plinkを使ってvcfファイルをpedファイルに変換するには？

plinkを使用して.vcfファイルを.pedファイルに変換しようとしています。私はいくつかのマニュアルや投稿をオンラインで読んだことがありますが、vcfをpedに変換する方法については特に言及していないようです。plinkを使ってvcfファイルをpedファイルに変換するには？

vcfをpedに変換するplinkの経験を持つ専門家がいることを期待しています。あなたが知識を分かち合うことができたら、私はそれを感謝します。さらに、そうする別の方法（非plink）がある場合は、それを共有してください。

ありがとうございました！

2016-09-23 NeverBe

私はVCFtoolsを使用してフォーマット（PED、FAM、マップ）をPLINKに私のVCFファイルに変換：私のコマンドは次のようになり http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html

を：

vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink

2016-10-17 16:08:44

通常動作しますが、しかし、それは（倍数体のデータで失敗しますそれらがフリーベイ変種呼び出し者などによってフラグが立てられている場合）。 – jena

答えて