2016-05-12 17 views
1

私はをRstudioでUbuntu 14.04で使用しており、パッケージAffyが正常にインストールされています。ReadAffy()が長すぎます

しかし、CELファイルがあるディレクトリ(setwd()を使用)を設定し、コマンドcel1 <- ReadAffy()を指定すると、出力はありません。私は>と次の行に行かない。単に出力が表示されません。

また、Ctrl+CおよびEscもプロセスを停止していません。通常Escは私のシステムでプロセスを停止するために働きます。ここにスクリーンショットがあります:Screenshot of the problem

また、セッションを終了しようとすると、応答に時間がかかりすぎます。この問題の原因は何ですか?どのように解決できますか?

編集: 私はこのフォルダに3つのCELファイルしか持っていません。

EDIT#2: また、1つのファイルに適用しましたが、もう一度時間がかかります。システムモニタのスクリーンショット: enter image description here 多くのCPUと多くのメモリ(GB単位)を使用しています。問題の原因は何ですか?私は簡単なコマンドReadAffy(filenames = "N54.CEL")を使用しています。なぜそれが問題の原因ですか?どのような提案も役に立ちます。ここで絶望的な種類。

+0

強制終了RStudio?また、いくつかのファイルで呼び出しを行い、ファイル全体の読み込み時間を見積もることもできます。 – Gopala

+0

フォルダ内にCELファイルが3つしかありません。単一のファイルでも動作しません。 ( 'filenames ='を使って)。また、セッションを終了するには多くの時間がかかります。私はそれが強制終了することによってあなたが意味するものだと思いますか? –

+0

はい、すべてをリロードするには時間がかかります。私は非常に大きな遺伝子発現データを扱い、挑戦に踏み込んでいます。ほとんどの場合、システムがメモリ不足になったり、小さなセットを実験しないで計算的に集中して実行したりします。この時点で他の人があなたに助言できることはわかりません。リモートデバッグは難しいです。 – Gopala

答えて

0

ファイル自体に問題がありました。私は別のソースからファイルを取得し、うまくいきました。

関連する問題