SNOMED CTをNeo4Jにインポート

Question

SNOMED CTオントロジーをグラフデータベース（この場合はNeo4J）にインポートする必要がありますが、最終的に別の選択肢になる可能性があります。

しかし、これを達成するために、SNOMED CTの根底にあるリレーショナルデータモデルを明確にすることはできませんでした。または、少なくとも、グラフデータベースにマッピングできる方法でエンティティの信頼関係を公開する単純化されたSQLビュー。

この件に関して、私は、指導または以前の経験を大いに感謝します。

Answer 1

リレーショナルデータモデルを直接シリアル化しようとすると、おそらくかなり難しくなり、目標からさらに遠ざかります。

SNOMEDデータは実際には既にRDF形式で利用可能です。だからあなたは "無料"のグラフ構造を取得します。

たとえば、thisプロジェクトでは、RDF形式のデータを提供し、RDFデータをグラフに入れることは、TitanまたはNeo4jの選択にかかわらず非常に簡単です。

側注：

は、私の同僚は、実際に我々の両方が取り組むGrakn Graph、セマンティックグラフシステムにSNOMEDデータをインポートするに取り組んできました。興味があれば彼の仕事hereをチェックすることができます。 Graknは、Titanの上で動作する意味グラフソリューションです。

Answer 2

は、実際にあなたが見つける3つのテーブル、概念、説明と関係

は彼らがここで説明があります。 https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCTIG/3.1.+Components

ほとんどの重要な関係と概念と説明し、概念間の関係です。

Answer 3

概念、説明、および関係をグラフデータベースにモデル化する方法に関するサンプルをお探しの場合は、 GithubにSnomedデータをNeo4jデータベースにアップロードできるサンプルプロジェクトがあります。

https://github.com/pradeepvemulakonda/Snomed

あなたは、実装の詳細に入る前に、私はあなたが概念と関係の感触を得れば、あなたが行くことができ

http://ontoserver.csiro.au/shrimp/

で次のようにSNOMEDデータブラウザを試してお勧めします実装を通じて。次の要点を使用して、Neo4jでアップロードされた概念と関係をどのように照会できるかを理解できます。

https://neo4j.com/graphgist/95f4f165-0172-4b3d-981b-edcbab2e0a4b#listing_category=health-care-and-science

Answer 4

SNOMEDはNIHによって解放UMLS（統一医療言語システム）を使用してMySQLにロードすることができます。ロードされると、MRRELテーブルにはSNOMEDノード間のすべての関係が含まれます。 Neo4jですぐにロードしたい場合は、MySQLの手順を完全にスキップして、UMLS RRFファイルで直接作業できます。 RRF文書形式は素晴らしいわけではありませんが、ファイルは表形式のテキストを簡単に解析できます。