単一ノード上で実行されているSLURM上のRジョブ

Question

ジョブが実行されるべきジョブ名、パーティション、およびノー​​ドについては言及していますが、Rはまだ計算ノード01上で実行されています。私は任意のヘルプは高く評価され、以下のスクリプトを提示しています：

!/bin/bash 
#SBATCH --job-name=10/0.30 
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks-per-node=16 
#SBATCH --partition=debug 
#SBATCH --exclude=compute[23,31-33,40] 
#SBATCH --nodelist=compute[07] 

echo "program started" 

cd /home1/ASP/sourav/coarse_grained_simulations/10/0.30 

sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R CMD BATCH --no-save --no-restore test_dcd.R test_dcd.out 

ジョブを実行しているのリストを取得するのsqueueを実行するには：

  12169  nnvi  R  ASP R  7:08  1 compute01 
     12172  nnvi  R  ASP R  5:03  1 compute01 
     12175  nnvi  R  ASP R  3:26  1 compute01 
     12177  nnvi  R  ASP R  0:02  1 compute01 

Answer 1

あなたは、パラメータとしてスクリプトを渡すsbatchを実行する必要があり、スクリプト内ではありません。

だからではなく、実行中の：

sbatch /home1/ASP/R-3.3.1/bin/R...

あなたが実行する必要があります：

sbatch myscript.sh

をまた、あなたが仕事に複数のCPUを使用する場合、あなたは--cpus-per-task=16の代わりに使用する必要があります--ntasks-per-node。 --ntasksおよび--ntasks-per-nodeがMPIアプリケーションに使用されます。オプションの詳細については、sbatchのマンページを参照してください。