Pweaveの入力としてR Markdownスタイルのドキュメント（.Rmd）を使用

Question

Pweaveまでの基本的なR Markdownドキュメント（コードチャンクでPythonを呼び出す）を実行しようとしています。 Pweave documentationには、```{python}のスタイルを使用してコードチャンクを宣言できると記載されています。しかし、たとえばpweave -f pandoc FIR_design.mdwを使用してコンパイルしようとすると、チャンクは実行されず、代わりに逐語的に配置されます。

すべてexamples in the documentationは、noweb構文を使用します。

<<fig = True, width = '12 cm', echo = False>>= 
from pylab import * 
plot(arange(10)) 
show() 
@ 

値下げ同等は次のようになります。

```{python, fig = True, width = '12 cm', echo = False} 
from pylab import * 
plot(arange(10)) 
show() 
``` 

私はそれが単にそのままでそれらを追加し、チャンクを実行しませんマークダウン構文を使用して例を実行しようとします。これは期待されていますか？もしそうなら、私は.Rmd文書をPweaveで実行可能にするためにどのように変換するべきですか？私はそれらをnowebスタイルに変換する必要がありますか？

• FIR_design.Rmd

Answer 1

代わりのpweave -f pandoc <source>pweave -i markdown <source>を使用してみてください：ここ

（実施例用）.Rmd形式で書き直さドキュメント例文書FIR_design.mdwあります。

入力形式を指定しない場合は、deduced from file extensionです。リンク元で見ることができるように、ソースファイルは、.pmdという拡張子を持つ必要があり、pandocマークダウンが自動的に検出されます。

デフォルトの出力形式は、入力と同じか、--format (-f)で指定されているようです。