すべてのキーの値を追加して新しい辞書を印刷するにはどうしたらいいですか？

Question

IはFILE1を、位置10に位置1からchromosome1ような領域情報を有しているように見えた： chromosome,position,value 1,1,value1 1,2,value2 1,6,value3 1,13,value4

：FILE2は、いくつかの値を持つchromosome1上の位置6のようなすべての位置の値は、のように見えた chromosome,start_position,end_position 1,1,10 1,11,20

私はFILE2で がFILE1内の任意の領域に属する位置、のようなものかどうかに基づいて、FILE1 FILE2への値を追加します： chromosome,start_position,end_position,total_value 1,1,10,value1+value2+value3 1,11,20,value4

両方のファイルが10m以上することができ私はこれをfile2のすべての行を調べるか（file1の任意の領域にあるかどうかを調べる）、file1のすべての行を辞書にします（file2の値を見つけますか？それから加えて？）？

そして、どのようにしてfile1のすべての行の '合計値'を得ることができますか？ ありがとうございました！

Answer 1

私は、あなたが必ずしも最も効率的なコードを探しているとは思っていませんが、仕事を終わらせるものはありますか？

ファイル2の値を辞書に読み込み、キーは(chromosome, start)のペア（開始点と終了点は常にファイル2と同じであると仮定）を使用します。

import numpy as np 

for line in file1: 
    chromosome, start, end = line.split(',') 
    total_value = np.sum([file2_dict.get([(chromosome,str(i))], 0) for i in 
          range(int(start), int(end)+1)]) 
    #do something with the total value, maybe write to another file. 
    #Could do: 
    new_line = ','.join([chromosome, start, end, total_value]) + '\n' 

：

は、次に（おそらく新しいファイルに）行の末尾に加算結果を追加し、ライン・バイ・ラインファイル1を読んで、あなたの「ファイル2」辞書に関連するすべての値を見つけます

残りの実装の詳細は（ファイル2から辞書を取得するなど）残しておきます。メモリ使用量は少し重いかもしれませんが、うまくいけばそれほど悪くはありません。

辞書検索で.get()メソッドを使用することに注意してください。辞書に見つからないキーがあれば、0が返されることに注意してください。あなたの状況に適しているかどうかを決定します。テキストと数字の間の変換にはstrとintの使用にも注意してください。実装に基づいてこれが適切かどうかを判断します。

また、以前にPythonのリスト内包語に遭遇していない場合は、そのことについていくつかの調査を行います。これは、すべての関連する値の合計を得るために1ライナーを書くことを可能にするものです。