qsub GNUパラレル実行中ジョブ

Question

マルチノード（2）でqsubジョブを実行し、GNUパラレルを使用してPPNを20回実行しようとしていますが、エラーが表示されます。

#!/bin/bash 
#PBS -l nodes=2:ppn=20 
#PBS -l walltime=02:00:00 
#PBS -N down 

cd $PBS_O_WORKDIR 
module load gnu-parallel 

for cdr in /scratch/data/v/mt/Downscale/*;do 
    (cp /scratch/data/v/mt/DWN_FILE_NEW/* $cdr/) 
    (cd $cdr && parallel -j20 --sshloginfile $PBS_NODEFILE 'echo {} | ./vari_1st_imge' ::: *.DS0) 
done 

私は、次のエラーを得た上記のコード（適切にチェックされ、qsubのない同じコードは、通常のコンピュータで正常に実行されているすべてのパスを注意してください）

$ ./down 
parallel: Error: Cannot open echo {} | ./vari_1st_imge. 

&を実行します$のためにダウンQSUB - 何も出力が

を作成されていない私は、平行--version GNUが平行で使用しています20140622

問題を解決するためにお手伝いください。

Answer 1

最初に--dryrunにparallelを追加してみてください。

しかし、何かの理由で$PBS_NODEFILEが設定されておらず、GNU Parallelがコマンドを--sshloginfileとして読み込もうとしています。

echo $PBS_NODEFILE 
(cd $cdr && parallel --sshloginfile $PBS_NODEFILE -j20 'echo {} | ./vari_1st_imge' ::: *.DS0) 

GNUパラレルは今-j20を開こうとすると、それが空であることは明らかである。これをテストするために

。