クラスタ上でMrBayesを実行しましたが、.con.treファイルが見つかりませんでしたか？

Question

私は系統発生について新しいものです。現在私は101種のmtDNA全体を持つクラスタ上でMrBayesを実行しました。 系統発生分析は別々に2回、3回目のコドン位置で1回、1回はなかった。両方の分析のためのInvGAMMAモード。 奇妙なことに、私は ".con.tre"ファイルを3番目のコドン位置入力ファイルで得ることができますが、3番目以外のコドン位置入力ファイルではできません。 v分析を2回実行しましたが、依然として.con.treファイルを取得できませんでした。 誰にも分かりませんか？ は、ここに私の.nexファイルのすべての

#NEXUS 
begin taxa; 
dimensions ntax=101; 
taxlabels 
Ancistrotermes_pakistanicus_Thailand 
Blatella_germanica 
...... 
end; 

begin characters; 
    dimensions nchar=16305; 
    format datatype=dna missing=? gap=-; 
    matrix 
    Ancistrotermes_pakistanicus_Thailand AAGGAGTTTTATTCTTGC-TT-T... 
    ...... 
; 
end; 

begin mrbayes; 

CHARSET rna12-16S = 1-3141; 
CHARSET tRNA = 3142-4875; 
CHARSET coding_first = 4876-12495\2; 
CHARSET coding_second = 4877-12495\2; 

partition favored = 4: rna12-16S, tRNA, coding_first, coding_second; 

set partition = favored; 

set autoclose=yes nowarn=yes; 

lset applyto=(1,2,3,4) nst=6 rates=invgamma; 

unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all); 

prset applyto=(all) ratepr=variable; 

mcmcp ngen= 10000000 relburnin=yes burninfrac=0.1 printfreq=5000 
samplefreq=5000 nchains=4 savebrlens=yes; 

mcmc; 

sumt; 

end; 



#My script on cluster. 
#!/bin/bash 
#SBATCH --job-name=MrBayes 
#SBATCH --partition=compute 
#SBATCH --time=6-23 
#SBATCH --mem-per-cpu=15G 
#SBATCH --ntasks=4 
#SBATCH --cpus-per-task=8 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,FAIL,END 
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK 
module load MrBayes.mpi/3.2.3 
srun --mpi=pmi2 mb -i test_mrbayes 

Answer 1

まず、直接問題に関連しませんです。現在のCHARSETコマンドは他のすべての塩基を呼び出しますが、コドンは3 bpです。 、すべての第一及び第二のコドン位置をサンプリングするためにコードを読み取る必要があります。

CHARSET coding_first = 4876-12495\3; 
CHARSET coding_second = 4877-12495\3; 

分析は、変更されたパーティション設定で繰り返さなければなりません。

SUMTコマンドは問題なく、結果を要約する必要があります。デスクトップコンピュータでサマリーを実行するには、mcmcコマンドにコメントを付けてから、再度nexusファイルを実行します。コマンドを実行するフォルダには、*.tファイルに結果のサンプルツリーが含まれている必要があります。

[all the code above deleted for clarity of the change] 
mcmcp ngen= 10000000 relburnin=yes burninfrac=0.1 printfreq=5000 
samplefreq=5000 nchains=4 savebrlens=yes; 

[mcmc;] 

sumt; 

end;