私は2つの出力ファイルを生成するコマンドを実行していますが、これらの2つのファイルは非常に大きく、bgzipを出力後に出力するのではなく、出力をbgzippedにパイプします。2つの出力ファイルをbgzipにパイプする方法は？
これらは、私の現在のコマンドは次のとおりです。
samtools sort -n --threads 16 -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 $file_1.fastq -2 $file_2.fastq
bgzip $file_1.fastq
bgzip $file_2.fastq
それは1つのコマンドでそれらのすべてを行うことは可能ですか？
ありがとうございました！
「-1」と「-2」のフラグは何を意味していますか？
彼らは、その後、すべてのあなたのことができるようにのようなものや、 "stderrをファイルにリダイレクトする" "stdoutをファイルにリダイレクトする" を意味する場合：
（（YOUR_COMMAND）|のbzip> $ file_1.fastq.bz）2> 1 | bzip> $ file_2.fastq.bz
ここでYOUR_COMMANDは、-1と-2を除いて、あなたがやっているのと同じです。ここでの考え方は、stdoutを1つのパイプラインとstderrを他方のパイプラインに送ることです。ええ、それはちょっと厄介です。 （あなたのパイプラインで以前にエラーが報告されている場合は、ファイル2に表示されます）。
-1と-2が意味するものでない場合、そのことについてはわかりません。
samtools sort -n --threads 16 -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 >(pigz -p 12 > $file_1.fastq.gz) -2 >(pigz -p 12 > $file_2.fastq.gz)
ありがとうございますが、私はそれが動作するとは思わない。このコマンドは1つのファイルを入力として受け取り、種類によってコンテンツに応じて2つの異なるファイルにソートされるため、-1と-2を指定する必要があります。しかし、試してくれてありがとう！ – FairyDuster