コマンドラインコンパイルにエラー

Question

1つのライナーのいくつかの問題に実行している....

ls *.fq.gz | cut -f 1 -d . | uniq | perl -pe 'chomp; system "bwa-0.7.9a mem -M /refs/GATK_bundle_2.3//human_g1k_v37.fasta -R'@RG\tID:Foo\tSM:bar' $_.1.fq.gz $_.2.fq.gz > $_.sam"' 

出力は

[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-1[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-2[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-3[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-4W[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-1[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-2[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-3[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-4Wgleadalln@mgcl01:~/testing/analysis$ 

周りが、このコマンドを実行するための解決策を見つけるのに苦労し、いくつかの読書を完了

です - コマンドの-Rオプション部分にネストされたものと関係があると思います。これらをエスケープする方法はありますか？

Answer 1

Perlにはsysfunctionがありません。 systemを意味しましたか？

また、シンタックスハイライトは引用符については正しいです。 R'@RGのsignle quoteは最初に引用符で囲まれた最初の文字列を終了しますが、これは正しいとは思われません。