0
ggbioのtracks（）関数を使用していくつかのゲノムトラックを結合しようとしていましたが、元の縮尺を維持しないでください。下に、私の問題を示す例のコードを見つけることができます。 combined_tracks1またはcombined_tracks2の両方のプロットのx軸を見ると、特定のxlim座標を指定してもx軸のティックが間違った位置にあり、t_aとt_bが正しいスケールになります！ ggbio tracks（）関数がプロットを結合するときにx軸を間違った方法で処理する
library(ggbio）
test_a = GRanges('chr1', IRanges(start = 150, end = 180))
t_a <- autoplot(test_a)
t_a
test_b = GRanges('chr1', IRanges(start = 100, end = 200))
t_b <- autoplot(test_b)
t_b
## ORDER A, B
combined_tracks1 <- tracks(t_a, t_b) + xlim (100, 200)
combined_tracks1
## ORDER B, A
combined_tracks2 <- tracks(t_b, t_a) + xlim (100, 200)
combined_tracks2
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37_0.99.5 VariantAnnotation_1.18.7 Rsamtools_1.24.0
[4] SummarizedExperiment_1.2.3 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0 BSgenome_1.40.1
[7] Biostrings_2.40.2 XVector_0.12.1 rtracklayer_1.32.2
[10] cowplot_0.6.2 scales_0.4.0 plyr_1.8.4
[13] reshape_0.8.5 Homo.sapiens_1.3.1 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2
[16] org.Hs.eg.db_3.3.0 GO.db_3.3.0 OrganismDbi_1.14.1
[19] GenomicFeatures_1.24.5 AnnotationDbi_1.34.4 Biobase_2.32.0
[22] GenomicRanges_1.24.2 GenomeInfoDb_1.8.3 IRanges_2.6.1
[25] S4Vectors_0.10.3 biovizBase_1.20.0 ggbio_1.20.2
[28] ggplot2_2.1.0 BiocGenerics_0.18.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] httr_1.2.1 AnnotationHub_2.4.2 splines_3.3.1 Formula_1.2-1
[5] shiny_0.13.2 interactiveDisplayBase_1.10.3 latticeExtra_0.6-28 RBGL_1.48.1
[9] RSQLite_1.0.0 lattice_0.20-33 chron_2.3-47 digest_0.6.10
[13] RColorBrewer_1.1-2 colorspace_1.2-6 htmltools_0.3.5 httpuv_1.3.3
[17] Matrix_1.2-6 XML_3.98-1.4 biomaRt_2.28.0 zlibbioc_1.18.0
[21] xtable_1.8-2 BiocParallel_1.6.6 nnet_7.3-12 survival_2.39-5
[25] magrittr_1.5 mime_0.5 GGally_1.2.0 foreign_0.8-66
[29] graph_1.50.0 BiocInstaller_1.22.3 tools_3.3.1 data.table_1.9.6
[33] stringr_1.1.0 munsell_0.4.3 cluster_2.0.4 ensembldb_1.4.7
[37] grid_3.3.1 RCurl_1.95-4.8 dichromat_2.0-0 bitops_1.0-6
[41] labeling_0.3 gtable_0.2.0 DBI_0.5 reshape2_1.4.1
[45] R6_2.1.3 GenomicAlignments_1.8.4 gridExtra_2.2.1 Hmisc_3.17-4
[49] stringi_1.1.1 Rcpp_0.12.6 rpart_4.1-10 acepack_1.3-3.3
ggpl
ベスト、
Yatrosin
私自身の質問に対する回答があります。あなたは、以下の方法でx軸を修正する必要があります：あなたの単一のプロットの各々に対して 'fixed（t_a）< - TRUE'。 – Yatrosin
あなたは先に進むことができます、これは答えです - あなた自身の質問に答えることはまったく問題ありません。 – aosmith