ランダム化と階層化ツリー

私は1000回ランダム化した後、自分のデータマトリックスを1000回ランダムに並べ替えてから、 "R"で階層的クラスタリングを行っています。これは私が紛失した場所です。最後の木は、それがループで計算千件のランダム化またはちょうど最後の木後の製品であれば、私は私はわからないこのループランダム化と階層化ツリー

for(i in 1:1000) 
    { 
    permuted <- test2_matrix[,sample(ncol(test2_matrix), 12, replace=TRUE)]; (this permutes my columns) 
    d = dist(permuted, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2); 
    clust = hclust(d, method = "complete", members=NULL); 
    } 
    png (filename="cluster_dendrogram_bootstrap.png", width=1024, height=1024, pointsize=10) 
    plot(clust)

を持っています。また、ツリー上にブートストラップ値を表示したい場合は、どうすればよいでしょうか？

多くの感謝！

出典

2012-04-17 DianaHelen

例では、clustという値は実際にループで計算された最終的なツリーです。ここにあなたの質問の2番目の部分はhereに答えべきであるあなたの行列の1000個の順列

make.permuted.clust <- function(i){ # this argument is not used 
    permuted <- data.matrix[,sample(ncol(data.matrix), 12, replace=TRUE)] 
    d <- dist(permuted, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2) 
    clust <- hclust(d, method = "complete", members=NULL) 
    clust # return value 
} 

all.clust <- lapply(1:1000, make.permuted.clust) # 1000 hclust trees

を作成し、保存する方法です。

出典

2012-04-17 11:24:03

私は、このエラーを与えてその：match.funでエラーが発生しました（FUN）： 'make.permuted.clust（test2_matrixは）' 関数、文字や記号ではありません – DianaHelen

申し訳ありませんが、lapplyの関数は引数を持つべきではありません。今修正されました。 –

ありがとうございました！ – DianaHelen