Anaconda、Pythonパッケージがpipが動作しない、Linux

Question

pipを使ってパッケージをインストールする際に問題が発生しました。私の環境の中からconda経由でパッケージをインストールするときはうまくいきますが、pipでインストールしようとすると、Xという名前のモジュールがありません。

私がインストールしようとしているパッケージは、コンドーム分布の

例Iは、次のパスは明らかアナコンダにアクセスするために私を許可する/ユーザー/ sjamal/anaconda3/binが追加されてい〜/ .bashrcの中

[sjamal@login1(franklin) src]$ source activate Py343 

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ pip install pyvcf 

Collecting pyvcf 
Requirement already satisfied: setuptools in /users/sjamal/anaconda3/envs/Py343/lib/python3.4/site-packages/setuptools-27.2.0-py3.4.egg (from pyvcf) 
Installing collected packages: pyvcf 
Successfully installed pyvcf-0.6.8 

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ python 

Python 3.4.3 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Oct 19 2015, 21:52:17) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 

>>> import vcf 
Traceback (most recent call last): 
File "<stdin>", line 1, in <module> 
ImportError: No module named 'vcf' 

、condaなど

私が最初に私と思いました下記の質問と同じ問題がありました。しかし、私は答えを忘れてしまったり、同じ問題ではない。

Does anaconda create a separate PYTHONPATH variable for each new environment?

私はそれがパスの問題が、私はそれを解決するように見えることができない理由それぞれの環境にピップとcondaによるパッケージのインストールは、おそらくどのように理解の私の欠如であることをかなり確信しています。

追加情報：

私はどのルートコマンドを実行することはできませんクラスタ上のログインノードにしています。私はルートアクセスが必要ではないと確信していますが、言及することは良いと思った。私のLinuxディストリビューションはCentOSリリース6.6（最終版​​）です。

ありがとうございました！

Answer 1

私はそれを把握することができました。私のシステムで少しの検索をした後。私はpipとcondaが2つの異なる場所にパッケージをインストールすることが分かった。私の場合は...

conda - Installed to my current anaconda environment just as expected 
pip - /users/sjamal/gridware/share/python/2.7.8/lib/python3.6/site-packages/ 

私は別の場所にインストールピップ理由は、したがって、以下の次の接頭辞を追加し、我々はHPCに持ってあらかじめデザインインフラによるものであると信じています。

/users/sjamal/gridware/share 

私のパッケージを使用するには、3つの方法があります。そのうちの2つは私がすることができます。しかし最後のものは、パッケージをインストールするためにpipsのデフォルトの場所を変更する必要があるため、私は理解できませんでした。私は使用しようとしました

pip install -t <dir> 

エラーをスローし続け、フォルダをインストールする宛先を選択することはできませんが。

他の二つの選択肢があります：

1. Install the packages using pip install <package> and then move the  packages to the original destination. 

2. Add the path to the environment where I want to have the packages installed to the local PATH variable in ~/.bashrc. However, this beats the fact of working in different environments as the package will be accessible from different environments. 

誰もがあなたが私と一緒にそれを共有している場合、私は非常に感謝される目的地をインストールピップのデフォルトをリダイレクトする方法を知っていれば。それまでは、より良い選択肢を探し続けるつもりです。

最後に、@amritにお返事ありがとうございます！

乾杯！

Answer 2

この最初の..

$のpython3

>>> import sys 

>>> sys.path.append('/all/path/to/C/Python') 

>>> import vcf 

を試してみて、その後、動作していない場合は...

は、Python 3.6.2と... 書き込み

import vcf 

をインストール

の代わりに

import pyvcf