時間依存共変量での生存解析のためのMantel-Byar検定とSimon-MakuchプロットR

Question

Mantel-Byar testを使用して時間依存共変量で生存解析を行い、次にRcmdrを使用してSimon-Makuch survival plotをRに追加しようとしていますパッケージ。

残念ながら、対応するRのドキュメントは完全ではなく、私は立ち往生しています。

対応する模擬データセットは以下の通りです：

id <- c(1, 2, 3, 4) 
death <- c(0, 1, 0, 1) 
death_days <- c(31, 59, 46, 41) 
nonfatal_event <- c(0, 1, 1, 0) 
nonfatal_event_days <- c(31, 51, 41, 41) 
dataset <- data.frame(id, death, death_days, nonfatal_event, nonfatal_event_days) 

どのように私はさらに進めるべき？

Answer 1

RcmdrパッケージとRcmdrPlugin.EZRパッケージをインストールした後で、Rcmdrパッケージを呼び出して、ツールメニューからRcmdrPlugin.EZRを呼び出す必要があることを知りました。

次に、データセットをロードし、時間依存共変量を伴うCox比例ハザード回帰を呼び出し、最後に最初にMantel-Byarテストを呼び出してからSimon-Makuchプロットを呼び出す必要がありました。

下記のサンプルコードは、R Commanderで直接呼び出すことができます。

#####Cox proportional hazard regression with time-dependent covariate##### 
library(survival, pos=15) 
library(aod, pos=16) 
TempDF <- Dataset 
TempTD <- stsplit(TempDF, TempDF$death_days, TempDF$death, 
    TempDF$non-fatal_event_days, TempDF$non-fatal_event, TempDF$death_days) 
CoxModel.1 <- coxph(Surv(start_td, stop_td, endpoint_td==1) ~ covariate_td, 
    data=TempTD, method="breslow") 
res <- NULL 
(res <- summary(CoxModel.1)) 
cox.table <- NULL 
cox.table <- signif(cbind(t(res$conf.int[,c(1,3,4)]), 
    p.value=res$coefficients[,5]), digits=4) 
rownames(cox.table) <- rownames(res$coefficients) 
colnames(cox.table) <- gettext(domain="R-RcmdrPlugin.EZR",c("Hazard ratio", 
    "Lower 95%CI", "Upper 95%CI", "p.value")) 
cox.table 
waldtest(CoxModel.1) 
windows(width=7, height=7); par(lwd=1, las=1, family="sans", cex=1, 
    mgp=c(3.0,1,0)) 
oldpar <- par(oma=c(0,0,3,0), mfrow=c(1,1)) 
plot(cox.zph(CoxModel.1), df=2) 
par(oldpar) 
print(cox.zph(CoxModel.1)) 

#####Mantel-Byer test##### 
Mantel.Byar(Group = TempTD$covariate_td, Event = TempTD$endpoint_td, 
StartTime = TempTD$start_td, StopTime = TempTD$stop_td, 
method = c("SAS", "Tominaga"), plot=0, landmark=0) 

#####Simon-Makuch plot##### 
Mantel.Byar(Group = TempTD$covariate_td, Event = TempTD$endpoint_td, 
StartTime = TempTD$start_td, StopTime = TempTD$stop_td, 
method = c("SAS", "Tominaga"), plot=1, landmark=0)