2017-05-09 17 views
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Plink 1.9を使用して、allconcat39.vcfという名前のファイルからACBの人口をサブセット化しようとしています。私は、次のコードを実行するとPlink。エラー:-keepの後に人がいません

head indACB.txt 
684_HG01879 684_HG01879 
685_HG01880 685_HG01880 
686_HG01882 686_HG01882 
687_HG01883 687_HG01883 
688_HG01885 688_HG01885 
689_HG01886 689_HG01886 
690_HG01889 690_HG01889 
691_HG01890 691_HG01890 
694_HG01894 694_HG01894 
695_HG01896 695_HG01896 

./plink --vcf allconcat39.vcf --keep indACB.txt --recode --out allconcat39ACB 

次のエラーが発生します。

そのために、私はこのようになりますindACB呼ばRでテキストファイルを(タブ区切り)、作成しました
Error: No people remaining after --keep. 

互換性のある個別IDとサンプルIDがvcfおよびindACB.txtファイルに含まれていることを確認しました。私はどこに問題があるのか​​分からない。何かご意見は?前もって感謝します !

答えて

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これはChristopher Changによる別のフォーラムで解決されました。コマンドラインに--double-idを追加してください。それ以外の場合、plinkはFIDとIIDの間の区切り文字として '_'を扱います。

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