縮退した文字列をPythonで検索する

Question

縮退または非常にわずかな「ファジー」文字列に正確なパターンマッチを検索しようとしています。

pattern = 'VGSGSGSGSAS' can be 10-50 characters long 
string = "VGSGSGGSGSGSGSGSERGSAS" or "VGSGSGSGSGSGAGERSAS" #it's actually 400 character long string 
string[11] = S|A 
re.search(pattern, string) #does not work 

ので、文字列[11]このサンプルではSまたはAのいずれかであるので、私は、私は2つの別々の文字列を作成する必要はありません、2定義された文字列内のパターンを探し、しかしです実際には、400文字の文字列の中にそれぞれ異なる3つのオプションを持つ複数の（少なくとも4つの）位置。だから私は24の異なる文字列を作って検索することに目を向けるだろう。それはただ一つのシーケンスのためです。私のシーケンスのいくつかは64の異なる文字列になります。検索の結果を見つけたら、開始点と終了点、実際に一致する文字列[11]（SまたはA）を特定したいと考えています。どのように私はこのパターンマッチングを行うことができる任意のアイデア？ありがとうございました！あなたはそのための正規表現を必要としない

Answer 1

、シンプルstr.find()はそれを見つけるために十分である：

pattern = "KVTMQNL" # substring to find 
your_strings = ["VGSEKVTMQNLNDRLAS", "VGSEKVTMQKLNDRLAS"] # just a list of strings 
for source in your_strings: # go through each string in our list 
    print("String: {}\nEleventh character: {}".format(source, source[11])) 
    if source[11] in ("N", "K"): # check if it has `N` or `K` on its 11th position 
     index = source.find(pattern) # search for the pattern 
     if index > -1: # if the pattern is found anywhere in the string... 
      print("Pattern start: {}\nPattern end: {}".format(index, index + len(pattern))) 
     else: 
      print("No match!") 
    print("---") 

どのプリントアウトします：それはあなたが探しているまさにだ

String: VGSEKVTMQNLNDRLAS 
Eleventh character: N 
Pattern start: 4 
Pattern end: 11 
--- 
String: VGSEKVTMQKLNDRLAS 
Eleventh character: N 
No match! 
--- 

わからない場合あなたの質問はちょっと混乱しています。

Answer 2

私はあなたの質問から理解することは正しいかどうか、実際に、あなたはこの例のように文字列のリストでre.search()を使用することができます。

import re 

strings = ["VGSEKVTMQNLNDRLAS", "GSEKVTMQNLNDRLAS", "DRLASKVTMQKL", "GSEKVKVTMQPLDRLAS"] 
pattern = r'KVTMQ[N|K]L' 

for k in strings: 
    s = re.search(pattern, k) 
    print("Search in: {} ".format(k), end = ' ') 
    if s: 
     print("Found: {} in position: {}".format(s.group(), s.span())) 
    else: 
     print("Not found") 

出力：

Search in: VGSEKVTMQNLNDRLAS Found: KVTMQNL in position: (4, 11) 
Search in: GSEKVTMQNLNDRLAS Found: KVTMQNL in position: (3, 10) 
Search in: DRLASKVTMQKL Found: KVTMQKL in position: (5, 12) 
Search in: GSEKVKVTMQPLDRLAS Not found