lme4で@ pp $ Xを調整する

Question

私はlmerモデルでいくつかの固定係数をテストしていますが、それ以降のプロセス（各変数の寄与率を計算する）でそのモデルを使用する必要があるため、 lmerModモデル。

私は次のエラーメッセージに

エラーオブジェクト@の頁の$ Xを変更しているに苦しんだワン：無効な交換：参照クラスのフィールド「X」は読み取り専用です

再現例を以下に：

#Load package and data 
library(lme4) 
data(iris) 

#build the model 
mod<-lmer(Sepal.Length~Petal.Length + offset(Petal.Width*1) + (1|Species),data=iris) 

fixef(mod) #not showing the offset coefficient 

#apply changes to mod to get fixef(mod) to work with new coefficient 
mod@beta <- c(mod@beta,1) #because model was offset by 1*Petal.Width 
mod@pp$X <- matrix(data.frame(mod@pp$X, iris["Petal.Width"])) #causes the error 

#check fixef: 
fixef(mod) # should have Petal.Width at the end with a value of 1 

は注意するには、次の

[fixef] :(https://github.com/lme4/lme4/blob/master/R/lmer.R#L876）！

1. は、@ betaに（すでに正常に変更されています）;
2. はgetME（オブジェクト、 "X"）:(https://github.com/lme4/lme4/blob/master/R/lmer.R#L1932）です。

私は彼らの変数名（直接lmerModを調整することができること）事前に

おかげでfixef係数に取得する別の方法に開いています！

Answer 1

オブジェクトmodのスロットppのクラスがmerPredDある：

library(lme4) 
data(iris) 
mod <- lmer(Sepal.Length~Petal.Length + offset(Petal.Width*1) + (1|Species),data=iris) 
class(slot(mod,"pp")) 

[1] "merPredD" 
attr(,"package") 
[1] "lme4" 

lme4オブジェクトのこのクラスはlme4のmerPredDコマンドによって生成することができます。ここ
はmod@ppの同じパラメータを使用してmerPredDオブジェクトを生成するための例です：

mod@pp <- obj1を使用して

obj1 <- merPredD(X=mod@pp$X, Zt=mod@pp$Zt, Lambdat=mod@pp$Lambdat, Lind=mod@pp$Lind, 
     theta=mod@pp$theta, n=nrow(mod@pp$X)) 
class(obj1) 

我々はエラーメッセージを取得していないと我々はobj1でmod@ppオブジェクトを置き換えることができます。我々はまた、mod@pp$Xに3番目の列を追加することができます

mod <- lmer(Sepal.Length~Petal.Length + offset(Petal.Width*1) + (1|Species),data=iris) 
Xold <- Xnew <- mod@pp$X 
set.seed(1) 
Xnew[,2] <- rnorm(nrow(Xold)) 
mod@pp <- merPredD(X=Xnew, Zt=mod@pp$Zt, Lambdat=mod@pp$Lambdat, Lind=mod@pp$Lind, 
     theta=mod@pp$theta, n=nrow(mod@pp$X)) 
head(cbind(Xold[,2], mod@pp$X[,2])) 

####### 
    [,1]  [,2] 
1 1.4 -0.6264538 
2 1.4 0.1836433 
3 1.3 -0.8356286 
4 1.5 1.5952808 
5 1.4 0.3295078 
6 1.7 -0.8204684 

：

mod <- lmer(Sepal.Length~Petal.Length + offset(Petal.Width*1) + (1|Species),data=iris) 
Xnew <- as.matrix(data.frame(mod@pp$X, iris["Petal.Width"])) 
colnames(Xnew) <- c(colnames(mod@pp$X),"Petal.Width") 
mod@pp <- merPredD(X=Xnew, Zt=mod@pp$Zt, Lambdat=mod@pp$Lambdat, Lind=mod@pp$Lind, 
     theta=mod@pp$theta, n=nrow(mod@pp$X)) 
head(mod@pp$X) 

####### 
    (Intercept) Petal.Length Petal.Width 
1   1   1.4   0.2 
2   1   1.4   0.2 
3   1   1.3   0.2 
4   1   1.5   0.2 
5   1   1.4   0.2 
6   1   1.7   0.4