ネットワーク解析：csvからノードとエッジファイルを作成する方法

Question

私はcsv形式の2モード（X人物）ネットワークを持っています。このネットワークのpersonXpersonプロジェクションを作成し、いくつかのネットワーク・メジャー（近さと仲間の集中度を含む）を計算したいと思います。

私の最初のステップは何ですか？私はノードとエッジの2つの別々のファイルを作成し、igraphパッケージを使用してRで解析を実行すると推測していますか？

私のデータ（my_data.csv）の超簡易バージョンです。

• グラント、人
• A、1
• A、2
• B、2
• B、3

Answer 1

（1）igraphを使用してグラフを作成します。 （2）それを二者として宣言する。 （3）それを1モードグラフとして投影する。

el <- read.table(text = "Grant,Person 
         A,1 
         A,2 
         B,2 
         B,3", 
        sep = ",", header = T, stringsAsFactors=F) 
#1 
net <- graph.edgelist(as.matrix(el)) 
#2 
V(net)$type <- bipartite.mapping(net)$type 

あなたはグラフがそれを調べることにより、二部であることを確認することができます。

> net 
IGRAPH DN-B 5 4 -- 
+ attr: name (v/c), type (v/l) 
+ edges (vertex names): 
[1] A->1 A->2 B->2 B->3 

2行目の「B」は、それは二部グラフであることを示しています。

#3 
net1mode <- bipartite.projection(net)$proj2 

bipartite.projectionは、モードごとに1つのプロジェクトを2つ作成します。ノードは元のエッジリストの2番目の列にあるので、2番目の投影です。

par(mfrow=c(1,2)) 
plot(net,edge.arrow.size=0.5,main="Two mode") 
plot(net1mode,edge.arrow.size=0.5, main="One mode projection") 

Answer 2

あなたはグラフがデータを表現する方法を決定します。あなたが説明したところから、グラフのノードに人が表され、エッジがグラントを表すというアプローチがあります。その場合、同じ助成金を受けている人々のペアワイズを作成してください。エッジはiGraphではデフォルトで双方向であるため、各ペアを1回だけ必要とします。