Grangesトラックでkaryogramを注釈する

Question

人間のhg19のkaryogram/ideogramを作成したいと思います。 p値を点プロットとして表示します。

CHROM POS fisher_het 
1: 10 134775 0.299587633 
2: 10 135237 1.000000000 
3: 10 135277 0.483198279 
4: 10 135331 0.224587437 
5: 10 135334 0.068035761 
6: 10 135656 0.468998144 
7: 10 135708 0.746611845 
8: 10 135801 0.242257762 
9: 10 135853 0.0
10: 10 137186 0.774670848 

これまでのところ、私はp値をデフォルトのggplotプロットにプロットすることができます。

ggplot(data = my.data.frame,], 
     aes(POS, -1 * log(fisher_het)) 
     ) + 
    geom_point(alpha = 0.5, size = 0.8) + 
    facet_wrap(~ CHROM) + 
    labs(x = "Position on chromosome", y = "-log(raw p-Value)") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) + 
    geom_hline(yintercept = 8, size = 0.3) 

今では、これらのp値は、各染色体のkaryogramの上で別々のトラックとしてkaryogram /表意文字の上にプロット持っていいだろう。この目的を達成するために

私は、大部分のアレクサンダースケート（https://www.biostars.org/p/152969/）の質問を行いました。

library("ggbio") 
library("GenomicRanges") 

# load banding data 
data(hg19IdeogramCyto, package = "biovizBase") 
hg19 <- keepSeqlevels(hg19IdeogramCyto, paste0("chr", c(1:22, "X", "Y"))) 

# create a test GRanges object 
# from the test data given above 
test.granges <- GRanges(seqnames = paste0("chr", df.test.data$CHROM), 
         ranges=IRanges(start = df.test.data$POS, 
             end = df.test.data$POS), 
         strand = "*", 
         fisher_het = df.test.data$fisher_het) 

# attach chromosome lengths 
data(hg19Ideogram, package = "biovizBase") 
seqlengths(test.granges) <- seqlengths(hg19Ideogram)[names(seqlengths(test.granges))] 

# plotting trials 
# this works - a set of chromosomes with banding 
ggplot(hg19) + layout_karyogram(cytoband = TRUE) 

# now i want to add my p-values following the pattern of Alexander Skates 
# + layout_karyogram(avs.granges, geom = "rect", ylim = c(11, 21), color = "red") 
# using geom = "point" 
ggplot(hg19) + 
    layout_karyogram(cytoband = TRUE) + 
    layout_karyogram(data = test.granges, 
         geom = "point", 
         aes(x=???, y=fisher_het) 
        ) 

私はGRangesオブジェクトまたはggplot/ggbioで受け入れられる他のオブジェクトに有効なx座標とy座標を指定できません。

# also tried to no avail 
ggplot(hg19) + 
    layout_karyogram(cytoband = TRUE) + 
    plotRangesLinkedToData(data = test.granges) 

Answer 1

最後に、適切なURLが見つかった場合、それほど難しくはないことが判明しました。

http://www.tengfei.name/ggbio/docs/man/layout_karyogram-method.htmlは、各染色体の核図の上の線図を指している。

• グランジからx座標に使用されるオブジェクトはstart

• ylimデフォルトポイントとして少し小さくする必要があるsize点サブプロット

• のサイズを定義するであろうサイズはほぼ判読できないプロットを生成する。

---

ggplot(hg19) + 
    layout_karyogram(cytoband = TRUE) + 
    layout_karyogram(data = test.granges, 
         geom = "point", 
         aes(x=start, y=fisher_het), 
         ylim = c(10,50), 
         color = "black", 
         size = 0.4 
        )