目的の場所に出力ファイルが見つからないのはなぜですか？

Question

処理スクリプトを作成しようとしていますが、最初は固執しています。それは間違っているようには見えませんが、実行を完了していて出力を出さないためにエラーがどこにあるのかを単に理解することはできません。デバッグに役立つ？

#!/bin/sh  
# 
# Call with following arguments 
# sh test.sh <output_basename> <fastq folder> <output_folder_loc> 
# 
# 
bn=$1 
floc=$2 
outloc=$3 
#Create an output directory 
#opdir=$bn"_processed" 
mkdir $outloc/$bn"_processed" 
echo "output directory for fastq $outloc/$bn"_processed" ..." 

fout=$outloc/$bn"_processed" 
echo "$fout ..." 

echo "performing assembly to create one fastq file for each read mates ..." 
zcat $floc/*R1*.fastq.gz > $fout/$bn_R1.fastq 
zcat $floc/*R2*.fastq.gz > $fout/$bn_R2.fastq 
echo "done" 

実行]コマンド：

sh test.sh S_13_O1_122 /home/vdas/data/floc/Sample_S_13_O1_122_S12919 /home/vdas/data/OC/RNA-Seq/STAR_run/mut_out 

私はコード内の任意の間違って表示されていないと、それはまた、エラーなしで走っているが、まだ任意の出力を取得しておりません。誰も私に問題を指摘できますか？ $outlocディレクトリがまだ存在していないときに良いです

mkdir -p "$outloc/${bn}_processed" 
fout="$outloc/${bn}_processed" 

mkdir -p：

Answer 1

まず、このような2行を変更してみてください。変数は、いくつかの長さを持っていることをテストしますあなたの引数をテストすることができ

Answer 2

（以下は唯一のbashであってもよいが、bashのは、ビン/ SH /として呼び出されたときに動作しない）

var=$1 
if [ ${#var} -eq 0 ]; then 
    echo "var is not defined" >&2 
    exit 1 
fi 

、あなたは可能性がありますたとえば、他の側面もテストしたい場合はどうすればいいですか？

ls $floc/*R1*.fastq.gz 

出力は何ですか？

Answer 3

#!/bin/sh  
# 
# Call with following arguments 
# sh test.sh <output_basename> <fastq folder> <output_folder_loc> 
# 
# 
bn=$1 
floc=$2 
outloc=$3 
#Create an output directory 
#opdir=$bn"_processed" 
mkdir $outloc/$bn"_processed" 
echo "output directory for fastq $outloc/$bn"_processed" ..." 

fout=$outloc/$bn"_processed" 
echo "$fout ..." 

echo "performing assembly to create one fastq file for each read mates ..." 
echo $floc/*R1*.fastq.gz 
echo $fout/$bn_R1.fastq 
zcat -v $floc/*R1*.fastq.gz > $fout/${bn}_R1.fastq 
zcat -v $floc/*R2*.fastq.gz > $fout/${bn}_R2.fastq 
echo "done" 

`

これは