私はCentOS 7を持っており、mpiccをインストールしました(これはCでopenmpi用にコンパイルされています)。私もpython 2.7.5を持っていて、ちょうどpipをインストールしました。私は、このコマンドを実行すると、次のエラーを取得しています:CentOS 7にmpi4pyをインストールできない
sudo pip install mpi4py
Collecting mpi4py Using cached mpi4py-2.0.0.tar.gz Installing
> collected packages: mpi4py Running setup.py install for mpi4py ...
> error
> Complete output from command /usr/bin/python2 -u -c "import setuptools,
> tokenize;__file__='/tmp/pip-build-x5jD4O/mpi4py/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize,
> 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__,
> 'exec'))" install --record /tmp/pip-mpMoZO-record/install-record.txt
> --single-version-externally-managed --compile:
> running install
> running build
> running build_src
> running build_py
> creating build
> creating build/lib.linux-x86_64-2.7
> creating build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py
> copying src/__main__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py
> copying src/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py
> creating build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include
> creating build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/mpi4py.MPI.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/mpi4py.MPI_api.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/mpi4py.h -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/__init__.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/libmpi.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/MPI.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/__init__.pyx -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/mpi.pxi -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/include/mpi4py/mpi4py.i -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/include/mpi4py
> copying src/MPI.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py
> copying src/libmpi.pxd -> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py
> running build_clib
> MPI configuration: [mpi] from 'mpi.cfg'
> checking for library 'lmpe' ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c _configtest.c -o _configtest.o
> gcc -pthread _configtest.o -llmpe -o _configtest
> /bin/ld: cannot find -llmpe
> collect2: error: ld returned 1 exit status
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> building 'mpe' dylib library
> creating build/temp.linux-x86_64-2.7
> creating build/temp.linux-x86_64-2.7/src
> creating build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c src/lib-pmpi/mpe.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/mpe.o
> creating build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/lib-pmpi
> gcc -pthread -shared -Wl,-z,relro build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/mpe.o -o
> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/lib-pmpi/libmpe.so
> checking for library 'vt-mpi' ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c _configtest.c -o _configtest.o
> gcc -pthread _configtest.o -lvt-mpi -o _configtest
> /bin/ld: cannot find -lvt-mpi
> collect2: error: ld returned 1 exit status
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> checking for library 'vt.mpi' ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c _configtest.c -o _configtest.o
> gcc -pthread _configtest.o -lvt.mpi -o _configtest
> /bin/ld: cannot find -lvt.mpi
> collect2: error: ld returned 1 exit status
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> building 'vt' dylib library
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c src/lib-pmpi/vt.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/vt.o
> gcc -pthread -shared -Wl,-z,relro build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/vt.o -o
> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/lib-pmpi/libvt.so
> checking for library 'vt-mpi' ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c _configtest.c -o _configtest.o
> gcc -pthread _configtest.o -lvt-mpi -o _configtest
> /bin/ld: cannot find -lvt-mpi
> collect2: error: ld returned 1 exit status
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> checking for library 'vt.mpi' ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c _configtest.c -o _configtest.o
> gcc -pthread _configtest.o -lvt.mpi -o _configtest
> /bin/ld: cannot find -lvt.mpi
> collect2: error: ld returned 1 exit status
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> building 'vt-mpi' dylib library
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c src/lib-pmpi/vt-mpi.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/vt-mpi.o
> gcc -pthread -shared -Wl,-z,relro build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/vt-mpi.o -o
> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/lib-pmpi/libvt-mpi.so
> checking for library 'vt-hyb' ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c _configtest.c -o _configtest.o
> gcc -pthread _configtest.o -lvt-hyb -o _configtest
> /bin/ld: cannot find -lvt-hyb
> collect2: error: ld returned 1 exit status
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> checking for library 'vt.ompi' ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c _configtest.c -o _configtest.o
> gcc -pthread _configtest.o -lvt.ompi -o _configtest
> /bin/ld: cannot find -lvt.ompi
> collect2: error: ld returned 1 exit status
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> building 'vt-hyb' dylib library
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -c src/lib-pmpi/vt-hyb.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/vt-hyb.o
> gcc -pthread -shared -Wl,-z,relro build/temp.linux-x86_64-2.7/src/lib-pmpi/vt-hyb.o -o
> build/lib.linux-x86_64-2.7/mpi4py/lib-pmpi/libvt-hyb.so
> running build_ext
> MPI configuration: [mpi] from 'mpi.cfg'
> checking for MPI compile and link ...
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -I/usr/include/python2.7 -c _configtest.c -o _configtest.o
> _configtest.c:2:17: fatal error: mpi.h: No such file or directory
> #include <mpi.h>
> ^
> compilation terminated.
> failure.
> removing: _configtest.c _configtest.o
> error: Cannot compile MPI programs. Check your configuration!!!
私は私がこれまでに見つかったすべてのソリューションを試してみましたが、どれも動作するように見えない、この問題について誰どんな考えをしてください持っていますか?必要がありますyum
を通じてあなたがopenmpi-devel
(または同等)をインストールする必要があり
_configtest.c:2:17: fatal error: mpi.h: No such file or directory
#include <mpi.h>
とあなた:ここで重要である線である、あなたがCentOSに上OpenMPIののdevelopment
ファイルをインストールするために逃したらしいあなた
OpenMPIをインストールしたとします。しかし、それはあなたの道ですか?つまり、新しいシェルmpiccから電話をかけたり、mpirunコマンドをオートコンプリートしようとすることができますか?さらに、OpenMPI開発ヘッダがインストールされていると仮定します... – fedepad
mpirun -np 4 program.oをacプログラム用に実行すると、mpirun -np 16を実行すると動作します。python program.pyのpython program.py 、それは私がmpi4pyモジュールを紛失していると言います – Logofatu114
答えが掲載されました、それは私が "OpenMPI開発ヘッダーがインストールされていると仮定した"と私のコメントで指していたところです。答えにあるように、それらをチェックし、そこに与えられたレシピでそれらをインストールしてください! – fedepad