サブディレクトリからC関数を呼び出すパッケージ

Question

C関数のサブパッケージを含むパッケージをビルドする際に問題があります。私はそれを説明するためのテストケースを構築しました。

ディレクトリツリーは次のとおりです。ここで

README.rst 
MANIFEST.in 
setup.py 
testcase/ 
    get_triple.py 
    __init__.py 
    spin/ 
    __init__.py 
    setup.py 
    spin.c 
    spin.h 

ファイルの内容です。最初のtestcaseディレクトリにあります。

get_triple.py：

import spin 
print "here is the spin dir" 
print dir(spin) 

def get_triple(number): 

    """ triple that number with a C func """ 

    new_number = spin.make_that_triple(number) 

    return new_number 

__init__.py：

from .get_triple import * 

setup.py：

from setuptools import setup 

def readme(): 
    with open('README.rst') as f: 
     return f.read() 

setup(name='testcase', 
    version='0.1', 
    description='test the C function called from a package', 
    classifiers=[ 
     'Development Status :: 0 - Alpha', 
     'License :: Friand_Dur', 
     'Programming Language :: Python :: 2.7', 
     'Topic :: Scientific/Engineering :: Bio-Informatics', 
    ], 
    author='test', 
    author_email='test', 
    license='test', 
    package_dir = { 
     'testcase': 'testcase', 
     'testcase.spin': 'testcase/spin', 
    }, 
    packages=['testcase', 'testcase.spin'], 
    install_requires=[ 
     # nothing, it's a test 
    ], 
    zip_safe=False) 

とスピンディレクトリから。

spin.c：

#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 
#include <python2.7/Python.h> 
#include <math.h> 
#define PY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL get_spinangle_traj_ARRAY_API 
/* This one makes the compilation crash if not commented, despite the warning message if it is */ 
//~ #define NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION 
#include "numpy/arrayobject.h" 
/* Not typecasting anything */ 
#include "spin.h" 

/* Docstring */ 
static char module_docstring[] = 
    "triple using C"; 
static char make_that_triple_docstring[] = 
    "triple using C"; 

static PyObject *make_that_triple(PyObject *self, PyObject *args){ 

    /* Just get a number */ 
    int number; 
    double tripled_number = 0.0; 

    /* Should get the python objects */ 
    if (!PyArg_ParseTuple(args,"i",&number)){ 
     PyErr_SetString(PyExc_ValueError,"Error while parsing the trajectory coordinates in get_spinangle_traj"); 
     return NULL; 
    } 

    /* Call the external C function to get the triple */ 
    tripled_number = tripleeee(number); 

    PyObject *ret = Py_BuildValue("d", tripled_number); 
    return ret; 
} 

double tripleeee(int number){ 

    return number * 3; 

} 

static PyMethodDef module_methods[] = { 
    {"make_that_triple",make_that_triple,METH_VARARGS,make_that_triple_docstring}, 
    {NULL,NULL,0,NULL} 
}; 

PyMODINIT_FUNC initspin(void) 
{ 
    PyObject *m = Py_InitModule3("spin",module_methods,module_docstring); 
    if (m == NULL) 
     return; 
    /* Load Numpy */ 
    import_array(); 
} 

spin.h：

static PyObject *make_that_triple(PyObject *self, PyObject *args); 
double tripleeee(int number); 

setup.py：

from distutils.core import setup, Extension 
import numpy.distutils.misc_util 

setup(
    ext_modules=[Extension("spin", ["spin.c"])], 
    include_dirs=numpy.distutils.misc_util.get_numpy_include_dirs(), 
) 

そして__init__.pyは空です。

spinサブディレクトリでpython setup.py build_ext --inplaceを使用してCパッケージをコンパイルした後、sudo python setup.py installを使用してメインパッケージをコンパイルしました。 ...動作しません

#!/usr/bin/python 
# -*- coding: utf-8 -*- 
import testcase 
print "here is the testcase dir" 
print dir(testcase) 

# Let's multiply this by 3 
number = 25 

new_number = testcase.get_triple(number) 

print new_number 

：

here is the spin dir 
['__builtins__', '__doc__', '__file__', '__name__', '__package__', '__path__'] 
here is the testcase dir 
['__builtins__', '__doc__', '__file__', '__name__', '__package__', '__path__', 'get_triple', 'spin'] 
Traceback (most recent call last): 
    File "./spindihed_totable_pl60.py", line 17, in <module> 
    new_number = testcase.get_triple(number) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/testcase-0.1-py2.7.egg/testcase/get_triple.py", line 9, in get_triple 
    new_number = spin.make_that_triple(number) 
AttributeError: 'module' object has no attribute 'make_that_triple' 

それがたとえtestcaseパッケージからspin以内にCの関数にアクセスすることはできません

は、私はまた、テストスクリプトを持っていますその中のspinが存在し、私はしばらくこのステップで立ち往生してきました。

>>> import spin 
>>> print spin.make_that_triple(3) 
9.0 

私は何を逃した：私はspinサブディレクトリにcd、しかし私はそれがCの問題ではない私に教えているようだC関数を使用することができますか？非常に基本的なものが私が逃したと感じています。 私はまた、テストを容易にするためにgitの上のすべてを置く：あなたがここにいくつかの問題を持っているあなたの助け

Answer 1

ためhttps://github.com/msidore/testcase

感謝を。 --inplaceをビルドした後、testcase/spin/spinに拡張モジュールを作成しました。

>>> import testcase.spin.spin 
>>> dir(testcase.spin.spin) 
['__doc__', '__file__', '__name__', '__package__', 'make_that_triple'] 

しかし、あなたのトップレベルsetup.pyは、拡張モジュールを認識していませんので、ごpython setup.py install場合、それはインストールされませなりますので、これに対応するモジュールがtestcase.spin.spinです。

setup.py 
testcase/get_triple.py 
testcase/__init__.py 
testcase/spin.c 
testcase/spin.h 

そして、それは拡張モジュールについて知っているように、トップレベルsetup.pyを変更します：

from setuptools import setup, Extension 
import numpy.distutils.misc_util 

setup(name='testcase', 
     packages=['testcase'], 
     ext_modules=[Extension("testcase.spin", ["testcase/spin.c"])], 
     include_dirs=numpy.distutils.misc_util.get_numpy_include_dirs(), 
     zip_safe=False) 

代わりにこれらの変更により、私は次のことができます。

私はこのような再配置の事を示唆します

virtualenv .venv 
. .venv/bin/activate 
pip install numpy 
pip install . 
python testscript.py 

そして私はtestscript.pyからの出力として得る：

here is the spin dir 
['__doc__', '__file__', '__name__', '__package__', 'make_that_triple'] 
here is the testcase dir 
['__builtins__', '__doc__', '__file__', '__name__', '__package__', '__path__', 'get_triple', 'spin'] 
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